初めまして。
WindowsStorageServer2008R2をファイル共有サーバとして利用しています。
メモリは4GB RAID5ディスク6個です。
２GB～５GBの動画ファイルを
SMBクライアント → [共有フォルダ]2008R2
にファイルをアップロードし、
2008R2[共有フォルダ] → FTPクライアント（パッシブ接続）
でファイルFTPダウンロードしています。
SMBクライアントは10台ほど、FTPクライアントは4台。
FTPはバッチで1台FTP接続を2セッション同時に行っています。ですので、IISへは8セッションが同時に接続されています。
SMBクライアントは10台ありますが、同時にアップロードは１～２台です。
SMBのアップロード、FTPのダウンロードを、それぞれ単独で行うと問題ないのですが。
それぞれ処理が重なると、FTPの転送速度が不安定になり、スループットが低下します。
400Mbpsコンスタントだったものが、100Mbps~200Mbpsのように安定せず、速度も低下します。
重なりの処理が終わっても、現象がしばらく改善されません。20～30分ぐらいで改善されます。
また、SMBクライアントは通常アップロードを行っていますが。動画ファイルを共有フォルダから再生を行う場合もあり。（40Mbpsほどのファイル）現象時は再生もおぼつかなくなります。
それらしき現象を検索したのですが、これという事象がありませんでした。
まことに恐縮ですが、同じような現象に遭遇しなんらか対応されたかた。おられましたらアドバイスいただければ幸いです。
以上、取り急ぎ。