Windows Server 2008R2上でRemoteAppを動かしています。
上記はデータセンター内に存在しており、
クライアントPC（Windows7、Windows8）は別な場所
（商業施設のため店舗）からVPN接続でデータセンター接続されております。
クライアントPC上にあるRDPファイルをクリックして
問題なく使用できるのですが、サーバアプリが起動する前にコマンドプロンプトも起動してきます。
（コマンドプロンプトは一時的に出るわけではなく、消さない限り画面に残り続けます）
また、コマンドプロンプトはクライアントのものではなく、RemoteAppサーバのコマンドプロンプトです。
（hostコマンドで確認）
当初サーバアプリ側の問題と思っていましたが、RemoteAppでRDPを作る際サーバアプリではなく、
ペイントやnotepadなどでRDPを作ってみましたが、同じ現象であり、RemoteApp側の問題ではないか
と考えております。
アプリを起動するたびに１～２個のコマンドプロンプトが起動し、
サーバ上のコマンドプロンプトが立ち上がっているため、不用意にさわられたくない、
また邪魔であることからなんとかコマンドプロンプトを表示を止めたいと思っています。
もしなにか事例があればご教授のほどよろしくお願いします。