下記のような構成でWindowsServerバックアップを利用しています。
バックアップ元
複数のフォルダを指定（約500GB程度）（Dドライブ内の一部のフォルダ）
バックアップ先
同一HDD内でパーティーションを区切って作成した別のドライブ（Eドライブ）
バックアップ方法
wbadminコマンドで下記のようなコマンドをバッチファイルとして作成し、タスクスケジューラにて毎日0：05に起動
wbadmin start backup -backupTarget:E: -include:フォルダ指定 -quiet
バックアップパフォーマンスの最適化
高速なバックアップパフォーマンス
上記のような設定で、時折増分バックアップにおいてバックアップが「完了（警告あり）」になってしまい、その時にバックアップに失敗したファイルの一覧を表示すると、下記のようなメッセージが記載されています。
「<フォルダ名＞の名前の変更でバックアップ中にエラーが発生しました。：エラー［0x80070002]指定されたファイルが見つかりません。」
「<ファイル名>の名前の変更でバックアップ中にエラーが発生しました。：エラー[0ｘ80070003]指定されたパスが見つかりません。」
こうなってしまうと、次回のバックアップが完全バックアップになってしまい、バックアップに時間が掛かってしまいます。
解決したい課題としては、下記の2点です。
①バックアップに失敗する理由と解決方法
最初は誰かがファイルを使用しているのかとも思いましたが、バックアップをスタートする際は深夜なので、上記のエラーメッセージ中に記載されたフォルダ・ファイルが利用されていないことは確認済みです。
他にどのような原因が考えられるでしょうか。
②不用意に完全バックアップを行わないようにする方法
増分バックアップと同程度の時間（10分程度）で終わるのであれば別段問題ないのですが、完全バックアップとなると12時間程度かかってしまい、その間ファイルの回復もできない状態にされてしまいます。
常に増分バックアップするような設定はできないものでしょうか。
フォーラム内に同じような質問はあったのですが、私の環境とは条件がかなり異なるため、流用はできないと思いました。
http://social.technet.microsoft.com/Forums/ja-JP/cd490cf8-f277-48be-84cd-c90c197ec67e/windowsserver?forum=windowsserver2008ja
どなたかご教示お願い致します。